Для повышения безопасности PhpMyAdmin можно сменить адрес, по которому будет открываться программа.
Для этого надо в файле /etc/phpmyadmin/apache.conf найти строку:
Alias /phpmyadmin /usr/share/phpmyadmin
и заменить в ней phpmyadmin на свое имя, например, myname
Должно получиться так:
Alias /myname /usr/share/phpmyadmin
Затем перезапустить Apache и открывать PhpMyAdmin надо будет по новому адресу:
http://mysite.ru/myname